Хауи родился в американском городе Бостон (штат Массачусетс) в семье судовладельца. Получил образование в Бостонской латинской школе, в одном из старейших национальных учебных заведений – Брауновском университете  и Гарвардском медицинском институте, где в 23 года получил степень доктора медицины.

Вскоре после окончания института Самуэль Хауи, воодушевленный Греческой революцией и по примеру своего кумира лорда Байрона, отправился в Грецию, где вступил в греческую армию как хирург.

В 1831 году Хауи вернулся в США, где с энтузиазмом взялся за новое для себя дело. Его друг бостонский врач Джон Дикс Фишер еще в 1826 году проникся идеей образования слепых. В то время в США считалось, что люди, страдающие слепотой, не могут стать достойными членами общества. Идея попытаться обучать их пришла к Фишеру после того, как он посетил в Париже первую в мире школу для слепых, основанную Валентином Гаюи.

Фишер предложил Хауи организовать и возглавить «Приют для слепых Новой Англии» в Бостоне. Он принял проект с характерным для него пылом и направился в Европу, чтобы изучить проблему.

Вернувшись в Бостон в июле 1832 года, он начал принимать слепых детей в доме своего отца, где занятия проводились для первых 6 учеников. Через полгода прогресс стал настолько очевиден, что властями штата утверждено было уже регулярное финансирование, а для обучения стало использоваться отдельное здание, предоставленное школе в вечное пользование известным бостонским торговцем Томасом Перкинсом, в честь которого впоследствии и была названа школа. В течение 6 лет число учеников возросло до 60. Позже здание было признано непригодным, продано, и в 1839 году учреждение переехало в здание бывшей гостиницы в южном Бостоне. С тех пор оно стало известно как Институт Перкинса.

Хауи был директором и душой института. Он открыл в нем центр по печатанию книг шрифтом для слепых, считающийся первым в США, стал новатором многих методов тифлопедагогики, привлекал к деятельности своего учреждения внимание большого количества благотворителей, превратив его в своеобразный «узел» американской филантропии и получая большую финансовую поддержку. В 1837 году Хауи принял в школу Лору Бриджмен (1829–1889), слепоглухую девочку, которая впоследствии стала известна как первый слепоглухой человек, сумевший научиться говорить, писать, читать, пользоваться тактильной формой общения при контакте с людьми и успешно получивший образование в США. Обучение Бриджмен стало первым описанным в научной литературе опытом по формированию навыков личностного и социального развития, адаптации к общественной жизни лиц, страдающих слепоглухотой.

Среди известных учеников Института в более позднее время – незрячий тифлопедагог Энн Салливан и ее ученица Хелен Адамс Келлер – слепоглухая американская писательница, преподаватель и общественный деятель.

Руководя Институтом Перкинса, в конце своей жизни Хауи принимал участие в организации большого числа подобных учреждений по всей стране.

В середине XIX века Самуэль Хауи, помимо работы со слепыми и слепоглухими детьми, занялся также организацией школы для детей с задержками в умственном развитии. В 1848 году он открыл при Институте Перкинса первое заведение для обучения таких людей. Его попытки дать им образование были довольно успешны, но ему пришлось снова «воевать» с обществом: многие считали, что умственно отсталым хорошо в подобных закрытых заведениях, и они должны находиться там постоянно, как в заключении. Хауи высказывался категорически против этого, аргументируя тем, что такой подход нарушает права этих людей, а сегрегация от остального общества нанесет им ущерб и затормозит развитие.

Общественная жизнь Хауи была не менее активной и насыщенной, чем профессиональная. Он был деятельным борцом против рабства: основал антирабовладельческую газету Бостона, помогал в организации побегов и переброски негров-рабов из рабовладельческих штатов Юга в Северные штаты и в Канаду, предоставлял беглым свой дом для отдыха и укрытия, выкупал рабов у хозяев

Самуэль Гридли Хауи умер в 1876 году в возрасте 74 лет.